Der hohe Grundwasserspiegel in der Aue, bedingt durch die vielen Windungen der Ecknach und durch lehmig-tonige oder moorige Böden, schränkt die landwirtschaftliche Nutzung ein. Nach Rodung der ursprünglichen Auwälder entstanden nasse Wiesen, die für die bäuerliche Nutzviehhaltung Einstreu und Futter lieferten.
Wurden die Wiesen früher ein- bis zweimal im Jahr geschnitten, so werden sie heute intensiv gedüngt und bis zu viermal gemäht. Zahlreiche typische Arten haben sich deshalb in gewässerbegleitende Hochstaudenfluren zurückgezogen. Streuwiesen, seggen- und binsenreiche Nasswiesen sowie Hochstaudengesellschaften sind in Bayern bereits seit 1986 geschützt.
Im Projekt Ecknachtal wird auf vielen Flächen die traditionelle Nutzung erhalten oder wieder eingeführt, obwohl auf diese Weise eine rentable Bewirtschaftung oft kaum möglich ist.